23. Juli 2010

115

OverView workflow Genome wide RN Ai screen

siRNAlibrary
& virus




siRNA libraries spotted
in 384 format




Knockdown:
individual
genes

€
€ e
e e
k

Infection





9 positions per well Hoechst & GFP channel

Image aquisition

Weitreichende Möglichkeiten zur gezielten Unterdrückung der Expression
einzelner Gene bietet die RNA Interferenz (RNAi)-Technik in Verbindung mit der
Hochdurchsatzmikroskopie. Im BioQuant wurde von Holger Erfle eine leistungs-
fähige RNAi-Screenmg Facility basierend auf einer neuartigen Festphasentransfek-
tion auf dünnen Glasträgern sowie in Lochplatten etabliert und optimiert. Hier wer-
den unterschiedliche siRNAs (21 nukleotide lange doppelsträngige small mterfermg
RNA-Moleküle) zusammen mit einer Transfektionslösung in einer räumlich defi-
nierten Anordnung (array) auf einen Glasträger gedruckt und danach mit adhären-
ten Säugerzellen überschichtet. Die Zellen nehmen in den Spots die unterschied-
lichen siRNAs auf, wodurch die Expression einzelner Gene unterdrückt wird.
Die spots in den arrays bzw. in den Löchern der Lochplatten lassen sich mit auto-
matisierten Mikroskopen anfahren. Mit Hilfe digitaler Bilderkennungsverfahren
kann der Phänotyp (die äußerlich feststellbaren Merkmale menschlicher Zellen)
anhand der Morphologie (Struktur und Form) bestimmt und so die Auswirkung
der Genunterdrückung durch RNAi analysiert werden. Langfristiges Ziel ist die
Analyse aller 30.000 menschlichen Gene auf einem Chip innerhalb eines Tages.
Die mit Hilfe der Hochdurchsatzmikroskopie gefundenen Effekte sollen in
Zukunft mit Hilfe der Nanoskopie in automatisierten Verfahren detailliert analysiert
werden.
Während die Sequenzierung der drei Milliarden Basenpaare des menschlichen
Genoms am Ende des letzten Jahrhunderts eine weltweite Anstrengung über ein