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„The functional proteome landscape of Escherichia coli"
Aufgrund der Bedeutung von Mikroorganismen für die menschliche Gesundheit
und der Zunahme von Antibiotikaresistenzen sind neue Technologien zur Unter-
suchung dieser Arten erforderlich. Die Methodik „Thermal proteome profiling“
(TPP) basiert auf dem Prinzip, dass Proteinwechselwirkungen (z. B. mit Arznei-
mitteln, Metaboliten, Proteinen oder Nukleinsäuren) die thermische Stabilität von
Proteinen beeinflussen.
In dieser Arbeit wurde TPP verwendet, um die Abundanz und thermische
Stabilität von fast 2.000 Proteinen als Reaktion auf 121 genetische Perturbationen
in Escherichia coli zu messen. Dies lieferte die beispiellose Möglichkeit, funktionel-
le Einheiten auf der Grundlage ihrer Kovariation zu assoziieren, die ein Ergeb-
nis ihrer Koregulierung und physikalischer Wechselwirkungen (mit Proteinen,
Metaboliten oder Kofaktoren) ist. Hierdurch wiederum kann die Funktion von
Hunderten von uncharakterisierten Proteinen basierend auf Assoziationen mit
Proteinen bekannter Funktion kartiert werden. Darüber hinaus wurde gezeigt,
dass die thermische Stabilität essentieller Proteine häufig moduliert wird, was
die Möglichkeit eröffnet, den Zustand und die Wechselwirkungen einer Protein-
gruppe zu untersuchen, die mit genetischen Ansätzen schwer zu untersuchen ist.
Schließlich wurden durch die Kombination dieser Proteommessungen mit zuvor
erworbenen Wachstumsphänotypen mechanistische Einblicke in bekannte Geno-
typ-zu-Phänotyp-Beziehungen erhalten.
Diese Daten stellen eine reichhaltige Ressource dar, um auf Proteinfunkti-
onen und -Wechselwirkungen zu schließen und der Ansatz ist leicht auf andere
Organismen anwendbar.

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